第三階段加強對日關係並與台派各團體分工合作階段
1996年2月4日「台灣建國陣線」成立，表明不滿民進黨對獨立建國議題有逐漸模糊化、曖昧化的趨勢，未來將致力推動台灣主權獨立、制訂新憲法、保障社會權三大目標，並支持彭謝配選總統。4月4日 民進黨新生代發表聲明「再度燃起希望與行動之火」，要求重開反對運動大辯論（繼於5月7日 民進黨新世代共同發表「台獨運動的新世代綱領」，公開向舊台獨論述提出挑戰，重要主張包括：台獨不一定以「台灣」為國家名稱，國號、國旗、國歌的變更，不是台獨運動的主要目的；台獨可以不在民進黨或台獨運動團體手中達成；台獨運動以凝結台灣人的國民意識為優先目標，因此該推行社會大和解；此種頃向頗受獨派側目）。4月9日 彭明敏等人成立「台灣建國會」。4月10日 在聯合內閣傳聞中民主進步黨中常會開會決議，嚴禁個別黨員入閣，也不與執政的中國國民黨討論兩黨聯合內閣，未來如有黨員以個別名義入閣，將受到「開除」的嚴厲處分。6月16日民進黨第7屆全國黨代表大會，許信良當選黨主席，主張與國民黨合作修憲等政策，與獨派意見歧異。
本階段臺獨聯盟對外活動甚多：對日交流更趨密切，數次應邀參觀日本陸上或海上自衛隊實彈演習或觀閱式、美國獨立號航空母艦群行列式，有時也邀請協助台灣安保協會的企業界人士偕同參加。聯盟所設台灣國際關係中心主任蔡武雄博士及世台會會長李界木博士邀請1996年諾貝爾和平獎得主拉莫斯‧霍塔博士1997年來台訪問，在宜蘭舉行的世台會年會中發表專題演講；1998年2月25日-3月8日 邀請西藏、內蒙古、東土耳其斯坦等獨立運動團體領袖前來台灣訪問，並於228紀念日、西藏抗暴紀念日期間進行一系列活動；此活動主要議題旨在支持人民自決權及國際獨立運動，並藉此建立國內支持台灣主權獨立團體與西藏、內蒙古、東土耳其斯坦等獨立運動團體的國際結盟；成立「現代文化基金會」以「提升台灣文化，促進多元文化之發展」為宗旨；辦理「台日安保論壇」，以因應在台灣和日本兩國政府無正式外交的情況下，一群關心台灣國家安全的學界、財經界、政界人士建議由台灣、日本各籌組民間社團，利用民間的對話、交流彌補無邦交的窘境，建立人民信心（「台日安保論壇」在1999年12月29日改名為「台灣安保協會」）；其後主辦數次有關台日安保問題研討會，甚至後藤新平‧新渡戶稻造事蹟國際研討會。
政治運動方面，1997年6月26日，建國黨、臺獨聯盟、台教會聯合推動臺灣共和國加入聯合國運動；6月28日民進黨、建國黨、臺獨聯盟、台教會等獨派團體舉辦「向中國說不」遊行，晚上在臺北市世貿廣場舉行大會；7月13日 民間監督憲改聯盟發動「人民作主，公投入憲」遊行。
關於修憲或制憲爭論，1997年5月19日由台灣教授協會等社運團體組成的「民間監督憲改聯盟」召開記者會，提出「一個反對、五項主張」聲明，反對任何型式雙首長制並主張總統制，民間支持總統制者則有串連行動；民進黨跨派系國代成立「推動總統制聯盟」，立法院也有立委配合； 5月24日台大憲法教授李鴻禧、賀德芬、葉俊榮、林子儀等人發表聲明反對國、民兩黨擬議中的「雙首長制修憲」，翌日許信良主席對此不客氣加以反擊。臺獨聯盟主辦台灣憲政研討會，研討台灣九七修憲策略和政治後果；但民進黨美新二系要求立法院黨團對國、民兩黨國發會修憲結論背書的動作﹐引起部份非美係委員反彈；臺獨聯盟仍堅持制定台灣新憲法的立場，也反對採前西德基本法方式。公投運動方面，台南市張燦鍙市長在該市舉辦公投遊行；台灣公民投票行動委員會在立法院舉行絕食活動，台獨聯盟主席黃昭堂、秘書長李勝雄及楊金海、林一方等四位盟員都加入絕食的行列。11月13日 民進黨總統候選人陳水扁出席「海內外台灣人國是會議」時指出，只要明年3月18日他有機會當選臺灣總統，第一件要做的事就是制憲、公投廢國大，他將召集學者專家、政黨代表、社會代表，召開憲政會議制定臺灣新憲法草案，交人民公投決定。並痛批媒體，指臺灣的危機在媒體報導。
其他政團的相關動態， 1996年2月4日「台灣建國陣線」成立，表明不滿民進黨對獨立建國議題有逐漸模糊化、曖昧化的趨勢，未來將致力推動台灣主權獨立、制訂新憲法、保障社會權三大目標，並支持彭謝配選總統。4月9日彭明敏教授等人成立「台灣建國會」；同年6月16日民進黨第7屆全國黨代表大會，許信良當選黨主席；10月6日建國黨成立，李鎮源院士、林山田教授任正副主席；會中修正通過黨章黨綱以「明白揭示以建立新而獨立的臺灣共和國」為成立宗旨(前臺獨聯盟高雄市主任蔡龍居係第一位民進黨公職人員加入建國黨，陳文輝繼之)。1998年2月13日-15日 民進黨舉行為期3天的「中國政策研討會」。因許信良修正大膽西進主張，4大派系經過3天、九場辯論，黨內美麗島系、新潮流系都接受「強本西進」描述兩岸互動基調。6月7日民進黨首任直選黨主席結果林義雄當選。1999年5月9日民進黨第8屆第2次全國黨員代表大會在高雄舉行，通過「台灣前途決議案」，承認現狀，將積極公投建立台灣共和國改變為消極公投改變現狀，並且首次出現「中華民國」國名，大會並為陳水扁解套，以通過「總統副總統提名條例」取代，不處理提名條例中之「四項擇一條款」。同年7月10日民進黨臨全會，經在場391黨代表全數舉手贊成，提名陳水扁先生為民進黨總統候選人。同年9月14日建國黨總統參選人鄭邦鎮教授與12位決策委員赴美宣揚台獨理念。
面臨2000年總統選舉，臺獨聯盟認為，2000年總統選舉是促成政黨輪替和政治體制大幅度革新的最好機會，非經這樣重大的改變，台灣實難以適應21世紀世界新局面的需要；因此，1999年即呼籲全體國人應掌握此機會，在2000年3月的總統大選，支持主張台灣獨立建國的總統候選人，民進黨候選人陳水扁是最適當人選。
第三階段相關重要事件附錄
1996年2月4日「台灣建國陣線」成立，表明不滿民進黨對獨立建國議題有逐漸模糊化、曖昧化的趨勢，未來將致力推動台灣主權獨立、制訂新憲法、保障社會權三大目標，並支持彭謝配選總統。
4月9日 彭明敏教授等人成立「台灣建國會」。
6月16日民進黨第7屆全國黨代表大會，許信良當選黨主席。
9月7日臺獨聯盟世界中委會在烏來舉行2天，討論「台灣政治情勢」報告以及「登輝維新無望論」，通過新草擬的臺獨聯盟政策綱領，辯論解散台獨聯盟加入建國黨之提案，多數贊成對建國黨應採與民進黨等距離政策。
9月16日黃昭堂、張燦鍙、黃爾璇等人赴日參觀陸上自衛隊實彈演習。
10月6日建國黨成立，李鎮源院士、林山田教授任正副主席；會中修正通過黨章黨綱以「明白揭示以建立新而獨立的臺灣共和國」為成立宗旨(前臺獨聯盟高雄市主任蔡龍居係第一位民進黨公職人員加入建國黨，陳文輝繼之)。
1997年2月19日 立法院民進黨黨團會議﹐美新二系要求黨團對國、民兩黨國發會結論背書的動作﹐引起部份非美系委員反彈。
5月19日由台灣教授協會等社運團體組成的「民間監督憲改聯盟」召開記者會提出「一個反對、五項主張」聲明，反對任何型式雙首長制和主張總統制。民進黨跨派系國代將在週三成立「推動總統制聯盟」，立法院也有立委配合。
5月24日台大憲法教授李鴻禧、賀德芬、葉俊榮、林子儀等人發表聲明反對國、民兩黨擬議中的「雙首長制修憲」；5月25日許信良對此不客氣加以反擊。
5月28日針對民進黨主席許信良日前批評主張採行總統制、反對雙首長制的學者「別有用心」、「卑鄙」，澄社發表措詞強烈的聲明抗議許信良。
6月26日 台灣共和國申請加入聯合國靜坐行動26日起在228和平公園展開；台獨聯盟秘書長陳南天擔任副總召集人。
6月28日民進黨、建國黨、臺獨聯盟、台教會等獨派團體舉辦「向中國說不」遊行，晚上在臺北市世貿廣場舉行大會反對中國併吞大會。
7月13日 民間監督憲改聯盟發動「人民作主，公投入憲」遊行。
7月20 日諾貝爾和平獎得主霍特博士訪台獨聯盟。台灣國際關係中心主任蔡武雄博士及世台會會長李界木博士邀請1996年諾貝爾和平獎得主拉莫斯‧霍塔博士來台訪問，在宜蘭舉行的世台會年會中發表專題演講。霍塔博士在諾貝爾獎的領獎演說中曾公開呼籲台灣應加入聯合國，且聯合國應讓台灣加入。
7月20日台獨聯盟舉行台灣本部第3屆第1次盟員代表大會。
9月6日 臺獨聯盟世界中委會在台北國王飯店舉行2天，討論建國黨及陳永興立委提議的「台灣獨立建國聯合會議」.本盟對建國黨與民進黨仍採等距離政策,低調派員參加﹐反對另組新黨和常設機構,獲相當一致的共識。會議達成下列共識：1、促國民黨政權正式公開放棄其虛構的「中華民國」主權；2、願支持台灣獨立建國的各方力量繼續溝通協調，同時我們也重申願意繼續與民進黨及建國黨維持友好關係；改選幹部，主席：黃昭堂﹐副主席：黃爾璇、秘書長：陳南天連任﹐新任發言人：施正峰、組織部：紀乃元等。
10月4日臺獨聯盟幹部主席黃昭堂、副主席黃爾璇、秘書長陳南天，應日本防衛廳關係者之邀，赴日橫須賀軍港參觀美國第七艦隊獨立號航空母艦演習。返台後黃爾璇託人向李登輝總統報告P3C偵測機及小型潛水艇功能並建議購置。
10月17日 民主進步黨主席許信良表示，民進黨願意接受中共邀請，展開雙邊對話，對話內容將以台海兩岸和平穩定為重心。
10月26日臺獨聯盟幹部主席黃昭堂、副主席黃爾璇、國代蔡信德和張禎祥、前主席許世楷、發言人施正峰、主任林茗顯，應日本防衛廳關係者之邀，赴日橫須賀軍港參觀日本海上自衛隊3年1次海軍「觀艦式」（即海軍閱兵）及演習。此次是日本戰後首次舉行的海空聯合演習。
1998年2月13-15日民進黨舉行為期3天的「中國政策研討會」。因許信良修正大膽西進主張，四大派系經過3天、9場辯論，黨內美麗島系、新潮流系都接受「強本西進」描述兩岸互動基調。
2月14日臺獨聯盟主辦台灣憲政研討會，研討台灣九七修憲策略和政治後果。
2月25日至3月8日期間，台灣獨立建國聯盟與世界台灣同鄉會邀請西藏、內蒙古、東土耳其斯坦等獨立運動團體領袖前來台灣訪問，並於228紀念日、西藏抗暴紀念日及期間進行一系列活動；此活動主要議題在支持人民自決權及國際獨立運動，並藉此建立國內支持台灣主權獨立團體與西藏、內蒙古、東土耳其斯坦等獨立運動團體的國際結盟。
6月7日民進黨首任直選黨主席結果揭曉，由林義雄當選。
7月3日柯林頓總統在上海說出對台「三不」：不支持台灣獨立，不支持一中一台、兩個中國，不支持台灣加入以國家為單位的國際組織；引起是否與中共簽署「新三不政策」的憂慮。
9月6日台灣獨立建國聯盟 1998年世界中央委員會兩天在台中豐原開會討論，取得下列共識：1. 以符合事實的台灣名義申請加入聯合國，參與國際社會；2. 要求執政黨放棄對中國領土的主張；3. 堅持廢除國民大會，反對五權憲法體制，4. 廢除中華民國體制，期待在一年內以公投方式，制定一部適合台灣國情的新憲法。
10月8日 民進黨中央今天正式完成處理前總統候選人彭明敏的退黨手續。
10月27日台獨聯盟成立「現代文化基金會」以「提升台灣文化，促進多元文化之發展」為宗旨；董事長是黃昭堂。
11月26日成立「台日安保論壇」在台灣和日本兩國政府無正式外交的情況下， 一群關心台灣國家安全的學界、財經界、政界人士建議由台灣、日本各籌組民間社團，利用民間的對話、交流彌補無邦交的窘境，建立人民信心；因此台灣方面先於1998年11月26日成立「台日安保論壇」；日本方面因成員皆為專家學者、退役將領，拘於財力的考量雖未成局，但在多次的研討會中也都有邀請日本方面的專家學者前來，發揮對談、交流的效果（「台日安保論壇」在1999年12月29日改名為「台灣安保協會」）。
11月29日台南市張燦鍙市長舉辦公投遊行。
1999年3月2日民進黨成立憲政改革決策協調會議；歷經十一次會議研討，已經研發完成黨版憲改主張，並送請中常會認可通過。
4月10日，為了爭取公投立法，台灣公民投票行動委員會在立法院舉行絕食活動，台獨聯盟主席黃昭堂、秘書長李勝雄及楊金海、林一方等四位盟員都加入絕食的行列。
4月16日「台灣公民投票行動委員會」對前民主進步黨主席許信良「公民投票法將給台灣帶來災難」的說法提出駁斥，民進黨籍立委蔡同榮強調「於公於私」許信良都不應該說這種話。
5月9日民進黨第8屆第2次全國黨員代表大會在高雄舉行，通過「台灣前途決議案」，承認現狀，將積極公投建立台灣共和國改變為消極公投改變現狀，並且首次出現「中華民國」國名；大會並為陳水扁解套，以通過「總統副總統提名條例」取代不處理提名條例中之「四項擇一條款」。
5月21日民進黨憲改決策協調會議決議在國大開議前，就三大主張與國民黨進行密集協商。
5月22日，「台日安保論壇」主辦後藤新平‧新渡戶稻造事蹟國際研討會，由台日的學者、椎名素夫參議員，日本媒體記者隨行參與。
7月9日李登輝總統接受「德國之聲」專訪，針對北京政府視臺灣為叛亂的一省，表示：1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，所以並沒有再宣怖臺灣獨立的必要；惟其「國」的觀念，仍基於「中華民國在臺灣」的一國，公開調整為「兩個中國」的主張，與一中一台的觀念，仍有一段距離。
7月10日民進黨第8屆第1次臨全會，經在場391黨代表全數舉手贊成，提名陳水扁為民進黨總統候選人。
7月11日，台獨聯盟舉行直屬本部盟員代表大會；針對 2000年總統大選、憲政、國會、及司法改革問題、以及日前李登輝先生發表「與中國的國與國關係」說詞加以討論，認為李先生應該進一步明確宣示台灣的國家領土範圍，據此制定台灣新憲法，確立真正的「一台一中」，使台灣成為名實相符的國家，以利台灣在國際社會的發展。
8月1日，台日安保論壇理事長黃昭堂應邀參觀日本海上自衛隊演習 ，同行者包括台日安保論壇成員等18人。
9月5日，因應4日東帝汶公投78.5%贊成獨立，5日成立台灣支援東帝汶獨立建國委員會，但未能運作。
9月18日，為探討台灣的安全問題，以因應中華人民共和國建國五十周年國慶的動作，舉辦中國的武嚇與台灣的安全保障國際研討會，特邀請佐藤守先生(前日本航空自衛隊南西航空混成團司令‧空將)與三成祐二先生(前日本海上自衛隊潛水艦隊司令‧海將)兩位專家前來做專題演講。
9月14日建國黨總統參選人鄭邦鎮教授與12位決策委員赴美宣揚台獨理念。
9月19日，台獨聯盟1999年世界中央委員會會議 於18-19日舉行，選出主席黃昭堂、副主席黃爾璇、秘書長兼發言人李勝雄、副秘書長羅清芬、秘書處主任兼資訊中心主任林茗顯、主席助理何康美、財務委員會主任侯榮邦、宣傳部主任兼「共和國」雜誌負責人施正鋒、國際關係部主任李憲榮、組織運動部主任張禎祥等部門主管。決議：希望朝野應進一步致力建立台灣成為完全不意涵中國的另一新而獨立的國家，以和平方式建立「台灣共和國」，明定台灣的國家領土範圍，制定台灣新憲法，反對採前西德基本法方式，而且以台灣的新國家地位加入聯合國，與世界各國包括中國建立正式和平對等的外交關係；本聯盟認為，2000年總統選舉是促成政黨輪替和政治體制大幅度革新的最好機會，非經這樣重大的改變，台灣實難以適應二十一世紀世界新局面的需要。因此，本聯盟呼籲全體國人應掌握此機會，在明年三月的總統大選，支持主張台灣獨立建國的總統候選人。
11月12日主席黃昭堂獲邀參觀美國航空母艦「小鷹號」，與其他大約兩千位日美兩國相關人士一起自日本橫須賀乘艦12小時，並且觀賞戰鬥機起降表演；同行的還有奇美企業董事長同時也是總統府國策顧問許文龍，以及偉詮電子公司董事長蔡焜燦。
11月13日 民進黨總統候選人陳水扁出席「海內外台灣人國是會議」時指出，只要明年3月18日他有機會當選臺灣總統，第一件要做的事就是制憲、公投廢國大，他將召集學者專家、政黨代表、社會代表，召開憲政會議制定臺灣新憲法草案，交人民公投決定。並痛批媒體，指臺灣的危機在媒體報導。
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