續第一階段
第二階段： 著重初期建制及與民進黨彌合階段
開始在杭州南路辦公，先建立提供台獨聯盟立法委員諮詢的台灣國會辦公室；1993年7月台灣本部召開盟員代表大會，決議更改本部名稱為「台灣獨立建國聯盟直屬本部」。其後主動推動制憲運動，打破國民黨壟斷電子媒體運動，和建立獨立國家藍圖的地方制度規劃。1994年6月25日 第2次台灣人民制憲會議籌備會於25-26日召開會議，25日通過台灣共和國憲法草案，選出新國旗、新國歌（新台灣頌）；此次運動由聯盟李應元與黃煌雄主導，民進黨中央及公職未積極參與。
積極前赴國外開展台獨運動外交，宣傳「一台一中」及台灣加入聯合國事宜。諸如：王康陸秘書長赴美國，會同陳重信、何康美、蔡武雄等同志，與聯合國高層官員及數位駐聯合國大使商討有關台灣加入聯合國事宜；台灣國會辦公室之盟員及立委與工商界代表方仁惠等合組越南訪問團；張燦鍙主席受邀參加南非總統曼德拉之就職典禮，並與巴解組織領袖阿拉法特會晤，後又率團訪問北非參加在突尼西亞首都突尼斯舉辦的非洲團結組織高峰會議（OUA SUMMIT）；台獨聯盟南美外交訪問團訪問阿根廷、巴拉圭、烏拉圭、巴西四國，與此四國之政要、甚至代理總統及總統候選人見面會談，他們均表示支持台灣，並願協助以「台灣」名義加入聯合國；張主席前往紐約參加CTIR主辦「台灣加入聯合國」之國際研討會並在美國、加拿大向朝野遊說，於聯合國大會前夕，又率張丁蘭、周叔夜、何康美等幹部拜會各國駐聯合國大使及聯合國官員，尋求他們支持以台灣名義加入聯合國；主席張燦鍙、副主席李勝雄、日本本部委員長黃昭堂受邀參觀4年一度的日本海上自衛隊舉行的軍事演習等等。
1994-95年間，台獨聯盟與民進黨之間發生合作方式的困擾。1994年2月5日台獨聯盟在台中舉行擴大中委會，討論張主席參選民進黨主席事，竭力淡化對外聲明內容；會中「當前反對運動團體動態分析」報告中提到：1.黨代表選出後精密估算實力，若無把握不宜輕易推出人選競選民進黨主席；2.成員團結力尚薄弱，組訓、文宣都有待開展；3.縣市長、縣議員鄉鎮長選舉事先缺乏企圖心和規劃，事後始作補救式助選，未予盟員候選人有力協助；4.「選上主席即解散WUFI」的傳言外界反應極壞，亟待不斷澄清；5.國會辦公室立委成員向心力不夠，辦公室也未如原初計劃協助立委；6. 台獨聯盟推動民間電視台而忽略各地第四台和無線電廣播台之爭取是一大錯誤。7.今後改進之道：加強政策規劃和決策能力；組織網的佈建、人脈的探求，人才的培養；開源節流，不做無意義的事，尤應減少人力、時間、財力之浪費；維護台獨聯盟的形象，營造最具理想性、最有同志愛、最高知識水準、獨立建國運動堅持者、最信實、誠正、效率、戰鬥力、團結力、等印象；重視平常成員之溝通；作風草根化、平民化、樸實化；鼓勵內部檢討、批評風氣；保留在民進黨之外的制衡空間，幹部不必人人加入民進黨；對意見不同的其他團體及個人，可以採取包容的態度，但不可輕易削弱自己的原則和風格；以上表示遷台不久後已作客觀的檢討。
嗣於1995年3月19日民進黨全代會討論提名辦法，四大派系堅持幹部評鑑佔50%,三組三票制（1996年又修改）﹐台獨聯盟依據研討會意見提出修正案﹐皆遭否決﹐與民進黨關係陷低潮﹐大會前後乃有人表明出走組黨之意。同年4月 9-10日 台獨聯盟於高雄縣大社鄉傑笙渡假村舉行臨時世界中委會討論是否組黨事，共計有35位中委出席及14位盟員全程列席參加，重要討論與決議如下：1.台獨聯盟定位為「政黨政治團體」及「運動組織」並存之聯盟；2.認為於現階段仍可與民進黨合作，共同為台灣獨立建國打拚，協助民進黨除弊興利，早日完成台灣獨立建國之大業；3.秉持重視社會運動的立場，擬結合各種社運團體，並以文化運動（成立台灣文化基金會）及原住民運動（成立原住民委員會）為重心，積極推展各項社運工作，與政治運動相配合來達成台灣獨立建國之目標。至於是否組黨事﹐張主席與海外返台幹部未作決定﹐擬好的計畫組織新台獨黨聲明重新改寫；領導幹部傾向尋求民進黨途徑參選。4月30日民進黨全代會改選中央幹部，台獨聯盟張主席、許世楷、李應元、蔡龍居等黨員被走票落選，更是一種警訊。
1995年8月5日臺獨聯盟世界中委會在石門水庫舉行，改選幹部，黃昭堂膺任主席，推舉黃爾璇任副主席、陳南天任秘書長；同年11月立委選舉，前主席張燦鍙（台南市）及許世階（台中市）、前副主席李應元（台北縣）等人參選；可說是領導幹部一次大變動。
第二階段相關重要事件附錄
1993年1月 方仁惠與黃爾璇覓租杭州南路國會辦公室。
3月20日 因叛亂嫌疑被起訴的張燦鍙，以證據不足獲判無罪。
4月19日 成立「台灣國民制憲運動委員會」，主張「宣揚憲政理念，建立國民意識，推動公民投票，完成制憲建國」。
7月 台灣本部召開盟員代表大會，決議更改本部名稱為「台灣獨立建國聯盟直屬本部」。
7月18日 臺獨聯盟台灣國會辦公室邀日本律師處理前日本兵郵存等賠款事。
7月19日民進黨福利國連線的7位立法委員出發訪問中國，北京當局以訪問目的不明確為由，拒絕發給入境許可證，隨行記者亦不得入境；民進黨對此發表指責聲明，嗣後民進黨大陸訪問團，一團取消，另一團照舊進行，取得「台胞證」的於19日出發。
7月18日 台灣國會辦公室邀日本律師處理前日本兵郵存等賠款事。
8月舉辦「台灣憲法草案」兩週年紀念活動：1.台灣憲法草案大量散發給各縣、市民進黨部，盟員及社會人士；2.「台灣國民制憲運動騎士隊全國 宣達團」自8月24日起從屏東出發，沿縱貫線到主要城鎮之街市及車站 拉布條演講、發傳單及「台灣憲法草案」，最後於8月26日下午匯聚台大法學院之演講會場。
9月王康陸秘書長赴美國，會同陳重信、何康美、蔡武雄等同志，與聯合國高層官員及數位駐聯合國大使商討有關台灣加入聯合國事宜 。
9月24日在日本居住40餘年的史明，被許可回台；但政府表示與史明有關之事件，必須到法院說明。
10月3日民進黨召開第1次「新台灣地圖：邁向21世紀的國土計畫」研討會，提出廢除台灣省、改為3都15縣及原住民自治區3級制行政構想。
10月6日民進黨立院黨團「總統直選修憲小組」會議，決定兩個原則：「制訂憲法」為長期目標，當前的目標是採用最小變動原則，基於現實的考慮，應考慮兩階段式的修憲，不要主張制憲。
10月9日台灣國會辦公室提出「5省1都、金門馬祖特別行政區」的構想。
10月12日台獨聯盟秘書長王康陸於夜晚赴文化大學專題演講後，在回中 央盟部途中，不幸因車禍身亡，台獨聯盟懷疑係遭政治謀殺。
12月基於中國海協會來台與國民黨之海基會會談，台獨聯盟與民進黨桃園縣黨部聯合前往桃園機場舉辦「反對海基會、海協會台北會談」之抗爭活動。
1994年1月31日 獨立台灣會成立台北聯絡處，負責人史明召開記者會。
2月5日台獨聯盟在台中舉行擴大中委會，為張主席參選民進黨主席事，竭力淡化對外聲明內容；議決今後之方向及運作：運動策略必須不斷的適時檢討、調整和創新，使台獨聯盟本土化更落實。
2月台灣國會辦公室之盟員及立委與工商界代表方仁惠等合組越南訪問團，拜會越南國會辦公室主任武卯部長、農業部長、投資合作部長以及國會議員高明珠、國會外交部副主任楊勇德等人。
1994. 4.18 制憲會議報告地方自治法。
4月30日 民進黨全代會改選中央幹部，台獨聯盟張主席、許世楷、李應元、蔡龍居等被走票落選。
5月1日施明德當選民進黨第6屆黨主席。
5月張燦鍙主席，經ANC以特殊朋友身份，受邀參加南非總統曼德拉之就職典禮，並與巴解組織領袖阿拉法特會晤一個小時，交換獨立建國之經驗。阿拉法特對台灣政府仍堅持一個中國政策表示困擾與不解；張主席表示台灣主權無論過去或現在都不曾屬於中國，希望巴解能採取「一台一中」之外交方式，與台灣建立外交關係。
6月張燦鍙主席率團訪問北非參加在突尼西亞首都突尼斯舉辦的非洲團結組織高峰會議（OUA SUMMIT），會期中拜會兩國之總統、7國之外長以及與多位大使會談，爭取他們支持台灣進入聯合國。
6月25日第2次台灣人民制憲會議籌備會於25-26日召開會議，25日通過台灣共和國憲法草案，選出新國旗、新國歌（新台灣頌）。此次運動由台獨聯盟李應元與黃煌雄主導，民進黨中央及公職未積極參與；台灣共和國憲法草案開頭：我們台灣人中的原住民，過去在台灣的原野自由自在生活；我們台灣人中的漢語系各族群，為了擺脫惡政、戰亂與貧困，追求更美好的生活，先後來到台灣生存發展；歷經外來政權長期的壓迫統治，台灣民族已經覺醒；我們決心以自己的力量，為維護人性尊嚴，保衛國家安全，確保社會安寧，實現社會公義，保障這一代以及代代子孫的自由、民主、福祉與和平，創建獨立自主的現代國家，特制定本台灣共和國憲法。
8月4日世界台灣同鄉會1994年會在台北舉行。
8月台獨聯盟檢討遷盟回台後之工作成果：本盟返台後所努力的三大工作目標：打破國民黨壟斷電子媒體、國民制憲運動、一台一中運動之推展，均已完成階段性之任務。
8月9日李登輝總統接見具有台獨色彩的世界台灣同鄉會幹部。
9月台獨聯盟南美外交訪問團訪問阿根廷、巴拉圭、烏拉圭、巴西四國，與此四國之政要、甚至代理總統及總統候選人見面會談，他們均表示支持台灣，並願協助以「台灣」名義加入聯合國。
9月張主席前往紐約參加CTIR主辦「台灣加入聯合國」之國際研討會並在美國、加拿大向朝野遊說。於聯合國大會前夕，率張丁蘭、周叔夜、何康美等幹部拜會各國駐聯合國大使及聯合國官員，尋求他們支持以台灣名義加入聯合國。
10月主席張燦鍙、副主席李勝雄、日本本部委員長黃昭堂受邀參觀4年一度的日本海上自衛隊舉行的軍事演習，受邀者均被列入國家貴賓身份參加行列式巡禮，是一種殊榮，也代表台獨聯盟在日本之關係非常特殊。12月3日 台灣歷年來最大的選舉結果，國民黨候選人宋楚瑜當選台灣省第一任省長，台北市與高雄市改制直轄市後第一任民選市長則分別由民進黨籍的陳水扁、國民黨籍的吳敦義擔任。
12月由台灣國會辦公室主辦「群眾性防衛」演講系列，邀請 Dr. Gene Sharp 主講，「群眾性防衛」是最新的國防觀念，對面臨強大潛在敵人的國家尤其需要，現已有多國採用此國防觀念。
1995年2月26日彭明敏教授在支持者敦促下加入民進黨。
3月19日民進黨全代會討論提名辦法，四大派系堅持幹部評鑑佔50%,三組三票制﹐獨盟依據研討會意見提出修正案﹐皆遭否決﹐與民進黨關係陷破裂邊緣﹐大會前後表明有出走組黨之意。
4月 9-10日獨盟於高雄縣大社鄉傑笙渡假村舉行舉行臨時世界中委會討論是否組黨事，共計有35位中委出席及14位盟員全程列席參加，重要討論與決議如下：1.台灣獨立建國聯盟定位為「政黨政治團體」及「運動組織」並存之聯盟；2.本盟認為於現階段仍可與民進黨合作，共同為台灣獨立建國打拼，協助民進黨除弊興利，早日完成台灣獨立建國之大業；3.秉持重視社會運動的立場，擬結合各種社運團體，並以文化運動（成立台灣文化基金會）及原住民運動（成立原住民委員會）為重心，積極推展各項社運工作，與政治運動相配合來達成台灣獨立建國之目標。至於是否組黨事﹐張主席與海外返台幹部未下決心﹐擬好的有意組織新台獨黨聲明只好委由李憲榮改寫；領導幹部傾向尋求民進黨途徑參選。
4月參與「台灣建國百年運動」暨「馬關條約百年紀念」之遊行。
5月參與「黨政軍退出媒體運動」，本盟提出對「反媒體壟斷運動」的五項期待之街頭文宣。
7月16日臺獨聯盟臺灣本部代表大會在臺中舉行，改選中委。
8月5日臺獨聯盟世界中委會在石門水庫舉行，改選幹部，主席：黃昭堂﹐舉副主席：黃爾璇、秘書長：陳南天。
9月15日施明德主席在美表示「民進黨若執政，不必也不會宣布臺灣獨立」。
9月24日經過49場公民投票的長期激戰，民進黨總統候選人終於由彭明敏教授出線，副總統競選搭檔則選定立委謝長廷。
10月21日台灣獨立運動團體、西藏獨立運動團體，首次在紐約曼哈頓世界金融中心前會師，向參與聯合國50週年慶祝晚宴的世界領袖，一致呼籲尊重西藏與台灣人民的人權與獨立之意願，並高呼「一個台灣、一個西藏、一個中國」，共同唾棄過時封建的「一個中國」的說法。
12月2日，立委選舉投票，張燦鍙、許世楷、姚嘉文、江鵬堅、戴振耀、蔡同榮、陳婉真等落選。
12月19日 民進黨中央公佈「大和解說帖」，強調以大聯合政府為管道達成大和解目的（翌年3月27日民進黨主席施明德為負起總統選舉失敗責任而辭職）。
後續
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